49 Baza Lotnicza jest jednostką Wojsk Lądowych bezpośrednio podporządkowaną Dowódcy 1 Brygady Lotnictwa Wojsk Lądowych z siedzibą w Inowrocławiu.
     Pruszczańska baza została utworzona na mocy decyzji Ministra Obrony Narodowej nr 48/Org./P1 z 15 marca 2011 roku i od połowy 2011 roku rozpoczęło się jej intensywne formowanie. Podjęto działania mające na celu przekształcenie istniejącego 49 Pułku Śmigłowców Bojowych w nową strukturę organizacyjną. Okres przejściowy trwał do grudnia 2011 roku, podczas którego funkcjonowały równolegle obydwie jednostki. Dnia 07 grudnia 2011 roku na płycie lotniska odbyła się uroczystość przekazania dowodzenia jednostką dowódcy 49 Bazy Lotniczej oraz symbolicznego przekazania sztandaru i tradycji między 49 Pułkiem Śmigłowców Bojowych a 49 Bazą Lotniczą.
     Tym samym z formalnego punktu widzenia został zamknięty rozdział istnienia 49 Pułku Śmigłowców Bojowych . Faktem stało się pojawienie na mapie województwa pomorskiego 49 Bazy Lotniczej, która z dniem 01 stycznia 2012 roku samodzielnie funkcjonuje w ramach 1 Brygady Lotnictwa Wojsk Lądowych. Pierwszym dowódcą 49 Bazy Lotniczej został płk dypl.pil. Piotr Saniuk.
     Żołnierze 49 Bazy Lotniczej na co dzień przechodzą intensywne szkolenia taktyczne, bojowe, specjalistyczne, ogólnowojskowe i poligonowe przygotowujące ich do działań w kraju i poza jego granicami. 49 Baza Lotnicza zaangażowana jest w misję wojskową w Polskim Kontyngencie Wojskowym w Afganistanie. Od kwietnia 2012 roku pruszczańscy oficerowie, podoficerowie i szeregowi biorą udział w XI zmianie Samodzielnej Grupy Powietrzno-Szturmowej stacjonującej w Ghazni.